水环境功能区划遵循“技术准备-定性判断-定量计算-综合决策”的过程，步骤：
（1）技术准备阶段
A.收集和汇总现有的基础资料、数据；
B.确定工作方案。
（2）定性判断阶段
A.分析使用功能及其影响因素；
B.提出功能区划分的初选方案或多种供选方案。
（3）定量计算阶段
A.确定设计条件。设计条件必须在定量计算前进行；
B.选择水质模型及计算；
C.计算混合区范围；
D.优化模拟。对功能区达到各个环境目标的技术方案及投资进行可行性分析。
（4）综合决策阶段
A.通过对水环境功能区的综合评价，确定切实可行的区划方案；
B.拟定分期实施方案。
水污染控制单元的划分：根据对水环境污染的分析，并考虑行政区划、水域特征、污染源分布等特点，将源所在区域与受纳水区域划分为若干个不同的水污染控制单元。
1）对于每一个控制单元，可单独进行环境评价，实施不同的控制路线；
2）针对不同的水质目标和不同的污染物，在不同区域可以有多种控制单元的划分方案，以适应解决不同环境问题需要；
3）.在每个控制单元内，污染物票房清单应齐全，水域控制断面应有常规检测资料；
4）对各控制单元间的相互影响，应根据水量与质量平衡关系，通过污染物的输入和输出来定量表达。