1）坚持问题导向：帮助决策者解决实际问题，是系统分析的目的。
2）以整体为目标：以整体最优为核心的系统观点是系统分析得前提条件。
3）多方案模型分析和选优：对多个方案进行模型化及优化或仿真计算，尽可能得到定量化的分析结果，是系统分析的核心内容。
4）定量分析和定性分析相结合：系统分析的基本手段。
5）多次反复进行：系统分析成功的重要保障。

多变量、定性分析与定量分析相结合；以仿真实验为基本手段和以计算机为工具；可处理高阶次、多回路、非线性的时变复杂系统问题。

人和信息的重要作用；多次反馈和反复协商；科学性与艺术性的二重性及其有机结合。