衡量疫苗质量的指标有：安全性、保护率、免疫期的长短、稳定性、SPF纯度、物理性状、含菌（病毒）量、稀释剂、佐剂、冻干苗的真空度及剩余水分，还有使用是否方便、包装是否美观等。
疫苗的质量除与制造厂商有关，与贮存、运输及使用过程有关。
影响疫苗质量的因素主要有：
（1）保存条件：不同类型的疫苗要求的保存条件不同，只有按规定的条件保存，才能使疫苗的质量不致明显降低。一般来说，灭活苗要保存于2—15℃的阴暗环境中，非经冻干的活菌苗（湿苗）要保存于4—8℃的冰箱中；这两种疫苗都不应冻结保存。冻干的弱毒活毒（及活菌）苗，一般要求低温保存。所有疫苗的保存温度应保持稳定，不要波动太大，尤其是多次反复冻融，疫苗病毒（或细菌）会迅速大量死亡。
（2）保存期：查看包装上的截止有效期，离截止有效期越近，疫苗病毒（或细菌）死亡越多。
（3）运输过程：疫苗运输时常都达不到低温的要求，因此，运输时间越长，疫苗病毒（或细菌）死亡越多，如果中途转运多次，影响会更大。
（4）疫苗的稀释：各种疫苗所用的稀释剂、稀释倍数和稀释方法等都有一定的规定，必须严格按使用说明书进行。否则，疫苗的滴度会下降。例如，用自来水代替灭菌生理盐水稀释疫苗时，由于自来水中消毒剂的存在，会引起部分疫苗病毒或细菌的死亡；如果把1瓶500头份的疫苗稀释为1000头份使用，疫苗滴度就会降低1／2。一切用于稀释疫苗的用具，包括注射器、针头及容器等，使用前必须洗涤干净，并经高压灭菌或煮沸消毒。不干净的和未经灭菌的容器，容易造成疫苗的污染或将疫苗病毒（或细菌）杀死。
无论在稀释前或稀释后的任何时间，疫苗都不应受热或被太阳光照射。如果将结冻的湿苗浸于热水中，疫苗病毒就会很快死亡而失效。
（5）疫苗的使用：疫苗应该于临用前才由冰箱内取出，稀释后应尽快使用。活毒疫苗，尤其是稀释后，于高温条件下容易死亡，且时间越长，死亡越多。一般说来，马立克氏病疫曲应于稀释后2小时内用完，其他疫苗也应于4小时内用完。超过此时间未用完的疫苗应予废弃，更不能隔天使用。