秸秆的腐解和堆肥腐熟都是微生物生命活动的结果。在这个过程中，微生物的生长繁殖同样需要碳源、氮源、无机盐、生长因子等营养要素，而且需要各种营养的协调与平衡，其中最主要的一个参数就是碳氮比，过高的碳氮比造成发酵不启动，周期长，严重者发酵失败；碳氮比太低则容易产生恶臭，也会造成氮素的损失。单纯的秸秆或者堆肥原料营养不平衡，碳氮比太大，氮素匮乏，微生物不能正常生长，造成腐熟效果差，严重的甚至无法发酵。