在程序执行阶段，PLC对程序按顺序进行扫描。如程序用梯形图表示，则总是按先上后下、先左后右的顺序扫描。每扫描一条指令时所需要的输入状态或其他元素的状态分别从输入映像寄存器或输出映像寄存器中读入，然后进行相应的逻辑或算术运算，运算结果在存入专寄存器。若执行程序输出指令时，则将相应的运算结果存入输出映像寄存器。
程序的扫描周期与程序的长短有关。