海水淡化装置启动后，相当于主机缸套冷却水增加了一个附加冷却器，使进入主机的缸套水温度降低，会增加主机热应力，故应减小缸套水冷却器的海水量；停用时则应开大缸套水冷却器的海水量，以防进入主机的缸套水温度过高。

当冷却水温过低、使真空度过高时，稍开以保持合适的真空度，停用时打开，以便放空盐水。