酵母菌与细菌的本质区别在于一个为原核，一个为真核。个体形态：前者多呈圆形、卵形、少有柠檬形、尖形；后者有多种形态球形、杆形、螺旋形等。
前者比后者大。菌落形态：都为湿润、粘稠、圆形，极为相似。细胞结构：酵母菌是真核微生物，具有完整的细胞结构，有细胞壁、细胞膜和分工明确的细胞器以及细胞核；细菌是原核微生物，具有C壁、C膜，无细胞器和细胞核，各种酶都分布在C膜上。酵母菌的C壁由糖类和几丁质构成，而细菌由肽聚糖、脂肪和蛋白质组成，被革兰氏染色后体现G+，G—。
代谢类型：酵母菌为异养微生物，可以进行无氧发酵和好氧呼吸；细菌的代谢类型多种多样，既可以自养，又可以异养；有的为好氧，有的为厌氧，有的为兼性。

芽孢含水低，代谢活动停止；壁厚；含有DPA钙盐；含有耐热性酶。抗逆性强的芽孢不易染色，抗性弱的易染色。

（1）保护细胞
（2）防止原生质体胀破
（3）鞭毛支点
（4）与细菌的抗原性、染色性、致病性有关
（5）阻挡大分子有害物质