1、液体培养基：呈液体状态的培养基。用于：大规模工业生产；实验室摇瓶试验；微生物生理代谢研究。
2、固体培养基：用于菌种培养、分离、保存，育种。固化培养基：液体培养基中加入适量凝固剂（如琼脂）如：斜面培养基、平板培养基。天然固体培养基天然固态基质直接配置。用于：孢子培养，药用、食用真菌生产。
3、半固体培养基：介于固态和液态之间（加0.5%左右琼脂）的培养基。用于：菌种鉴定；细菌运动性观察和噬菌体效价测定；厌氧菌培养、保藏。