通过比较解剖研究，可为植物的分类及其探讨植物的系统进化提供结构依据。
观察植物的内部结构特征可判断其生长环境。植物发育生物学由一系列与细胞分化和调节相关的基因的表达来实现的。因此，只有在细胞和组织水平揭示植物结构发育的形态本质，才能进一步为掌握植物形态建成的分子机理及代谢产物合成的分子调控机理奠定基础。