①标本采集和结核菌的检测：标本来源包括痰液、超声雾化导痰、下呼吸道采样、支气管冲洗液、支气管肺泡灌洗液（BALF）、肺及支气管活检标本。涂片检查采用萋-尼抗酸染色和荧光染色法。涂片阴性不能排除肺结核，连续检查≥3次，可提高其检出率。分离培养法灵敏度高于涂片镜检法，可直接获得菌落，便于与非结核分支杆菌鉴别，是结核病诊断金标准，未进行抗结核治疗或停药48-72h的肺结核患者可获得比较高的分离率。
②结核菌药物敏感性检测：对肺结核痰菌阴转后复阳、化学治疗3~6个月痰菌仍持续阳性、经治疗痰菌减少后又持续增加及复治患者应进行药物敏感性检测。原发耐药率较高地区，有条件时初治肺结核也可行药物敏感性检测。
③血清抗结核抗体检查：血清学诊断可成为结核病的快速辅助诊断手段，但特异性欠强，敏感性较低。