主要差别是葡萄糖生成丙酮酸的途径不同。酵母菌和某些细菌（胃八叠球菌、肠杆菌）的菌株通过EMP途径生成丙酮酸，而某些细菌（运动发酵单胞菌、厌氧发酵单胞菌）的菌株通过ED途径生成丙酮酸。丙酮酸丙酮酸之后的途径完全相同。