有两种特殊的保护系统。
（1）分化出异形胞，其中缺乏光反应中心Ⅱ，异形胞的呼吸强度大于正常细胞，其超氧化物歧化酶的活性高。
（2）非异形胞的保护方式：
①时间上的分隔保护，白天光合作用，晚上固氮作用。
②群体细胞中的某些细胞失去光反应中心Ⅱ，而进行固氮作用。
③提高过氧化物酶和超氧化物歧化酶的活性来除去有毒氧化物。