1、动物饲养密度，如果每个饲养盒内或整个饲养室内饲养动物过多，动物的活动受到限制，排泄物大量增加，使盒内温、湿度及有害气体浓度比周围高，动物的健康将受到极大的影响。
2、饲养人员，饲养人员对动物的影响是多方面的：
（1）饲养人员因走动、放置物品所发生噪声。
（2）饲养人员因管理不善，如不及时换垫料造成不良空气，不及时加水、垫料等，都危及动物健康
（3）对于屏障系统、隔离系统而言，人出入动物室是引起动物污染的重要原因。
3、微生物，病原微生物污染动物室后，造成繁殖效果差，实验结果混乱，以一系列动物疾病。