染色质可分为活性染色质和非活性染色质。
（1）活性染色质是有转录活性的染色质，呈疏松结构，利于转录因子和DNA结合，发生活跃的基因转录。主要特点如下：具有DNaseI超敏感位点；很少与组蛋白H1结合；组蛋白乙酰化程度高；核小体组蛋白H2B很少被磷酸化；其H2A少有变异形式；H3的变种只在活性染色质存在；HMG14和HMG17只存在于活性染色质中；组蛋白存在泛素化修饰。
（2）非活性染色质是指没有转录活性的染色质。常高度凝缩，其中DNA和组蛋白结合紧密，其特点和活性染色质相反。

在果蝇个体发育的某个阶段，多线染色体的某些带区变得疏松膨大而形成的胀泡，是基因活跃转录的标志。

可遗传的、与核酸序列没有直接关系的控制基因活性的调控方式。

在染色体包装时，为染色质提供锚定位点的非组蛋白。

是雌性哺乳动物体细胞在有丝分裂期间的细胞核中染色很深、由一条失活的X染色体凝缩而成的染色质小体

在细胞质内合成后，需要或能够进入细胞核内发挥功能的一类蛋白质。其肽链中带有核定位信号。