着丝粒的结构由3部分组成：动粒结构域（即着丝点）在细胞分裂中使染色体向两极移动；中央结构域：是着丝粒的主体结构，其中富含的卫星DNA具有物种专一性，可用于基因鉴定；配对结构域：是中期姐妹染色单体相互作用位点。动粒也由3部分组成：外板、中间间隙、内板。电镜下观察着丝点是由蛋白质构成的三层盘状结构，外板和内板的电子密度很深，而中层较浅，染色体上有环形的染色质纤维伸入内、中层，纺锤丝微管与外层相连接。

在细胞质内合成后，需要或能够进入细胞核内发挥功能的一类蛋白质。其肽链中带有核定位信号。