相同点：他们都是双层膜结构的细胞器，都有外膜、内膜、膜间隙、基质等结构。
不同点：线粒体的内膜向内凹陷形成众多的脊，上面结合有ATP合成酶；叶绿体的内膜是一层光滑的膜，没有脊结构。除了内膜外膜之外，叶绿体还有存在于其基质之中的类囊体结构。