（1）机械搅拌式生物反应器；优点是：反应器内的温度、PH值、溶氧及营养物浓度较其他反应器更易控制；缺点是：搅拌产生的剪切力对细胞造成伤害、抑制植物细胞生长和次级代谢物产生。
（2）鼓泡塔生物反应器；优点：操作不易染菌，提供了较高的热量和质量传递，放大相对容易；缺点是：流体流动形式难以确定，混合不均，缺乏有关反应器内的非牛顿流体的流动与传递的数据。
（3）气升式生物反应器；优点：在低剪切力下达到较好的混合和较高的氧传递效果，运动部件不易染菌，操作费用低；缺点：高密度培养时混合不够均匀；
（4）转鼓式生物反应器；优点：在高密度培养时有较高的氧传递效率，缺点：难于大规模操作，放大困难。
（5）固定化细胞生物反应器；优点：在一定程度上克服了植物细胞遗传和生理特性的不稳定，细胞大小的不一致性、高产细胞系的低产率等植物细胞培养中的突出难题，提高产物的产率。缺点：固定化细胞培养的先决条件是细胞代谢产物必须分泌到胞外。