（1）主体性质不同。法人受托机构的主体是法人，具备人社部批准的企业年金基金管理资格；理事会是自然人的集合。
（2）两者应具备的条件不同。法人受托机构注册资本不少于5亿元，取得企业年金基金从业资格的专职人员达到规定人数，具有符合要求的营业场所、安全防范设施和与企业年金基金受托管理业务有关的其他设施，具有完善的内部稽核监控制度和风险控制制度等；理事会由企业代表和职工代表等人员组成，也可以聘请企业以外的专业人员参加，其中职工代表不少于三分之一。理事会应当配备一定数量的专职工作人员。理事必须具有从事法律、金融、会计、社会保障或者其他履行企业年金理事会理事职责所必需的专业知识，具有决策能力，无个人所负数额较大的债务到期未清偿情形等。
（3）责任范围不同。法人受托机构承担自身过错责任、对其他管理机构的连带责任。理事会的理事应当对企业年金理事会的决议承担责任。理事会的决议违反法律、行政法规、本办法规定或者理事会章程，致使企业年金基金财产遭受损失的，理事应当承担赔偿责任。
（4）人员构成不同。法人受托机构由精算、投资等各行业专业人士全职服务，依赖人才储备和健全的流程；理事会主要由内部职工组成，基本是兼职。
（5）系统建设成熟度不同。法人受托机构的系统是外购或自主开发，与其他管理人有固定的数据系统接口；理事会无专业的受托管理系统，无数据传输接口。