（1）从所具有的分化功能上讲，干细胞可分为单能干细胞、多能干细胞与全能干细胞。单能干细胞是只能分化为单一类型细胞的干细胞。多能干细胞是能够形成两种或两种以上类型细胞的干细胞。全能干细胞是具有无限分化潜能的干细胞，例如胚胎干细胞。
（2）从来源上讲，干细胞包括成体干细胞和胚胎干细胞。胚胎干细胞简称ES（EmbryoStem）细胞，是一种全能干细胞，它是从着床前胚胎内细胞团或原始生殖细胞经体外分化抑制培养分离的一种全能性细胞系，可以分化成任何一种组织类型的细胞。成体干细胞来自成体的具有分裂和分化潜能的细胞。