构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。

在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。

蛋白质与DNA启动子和增强子的相互作用。

远离所调控的编码序列，通常位于不同的染色体上。

具有马尔可夫特性的离散状态随机过程。

是可以量化的参数，是一种直接的数量关系，是量的判断，可多可少，如百分之几。