企业物流组织经历了从分离到职能整合到过程整合的发展过程，每一次整合都对物流的发展作出了重大贡献。
（1）分离阶段。20世纪50年代以前物流的职能通常被视为是促进或支持性的工作，物流的组织职能常常被分散到整个公司。这种分割局面意味着在执行物流各方面的工作时缺乏职能部门之间的协调，经常导致重复和浪费。信息经常会失真或延迟，权力和责任的界限常常模糊。
（2）职能整合阶段。20世纪50年代，企业开始意识到需要对总成本进行控制，于是开始重组，并把具有物流职能的机构整合为单独的管理组织。物流结构终于能以整合的组织的形象出现。虽然这种整合一开始就受到了很多部门的抵制，但毫无疑问，将遍布于传统组织内的物流职能归组为一个单一的命令和控制结构可以提高整合的绩效，物流职能将会得到更好的利用，最低总成本方案可以被更好地确认。
（3）过程整合阶段。到了20世纪80年代中期，重点从职能转换到过程上，企业开始检验物流能力在创造客户价值的整个过程中所发挥的作用。很大程度上，把重点转化到过程上减小了将职能集聚到无所不包的组织单元中去的压力。问题的关键不在于如何组织个别的职能，而在于如何最好地管理整个物流过程。而使用信息技术来协调或指导整合绩效，可使执行工作本身的责任分布在整个组织内部。整合要求将物流和其他领域，诸如营销和制造等
相结合。为了实现整个组织整合，公司必须把各种能力集合到一个新的组织单元中去。这就意味着，必须将传统的单一职能的部门融入在某一过程中，这种融入常常需要将传统的组织结构分割，用新的、独特的方式重新组合。从某种意义来说，这种职能的分割好像又重新回到早期的按单一部门分割的老路中去了，然而，新出现的组织模式和以往模式的主要差别在于信息分布的广泛性。在如何管理和共享信息与知识方面，新的组织形式以一种截然不同的文化为特征。
（4）虚拟和组织透明未来，正式的层次命令和控制组织结构将被一种非正式的电子网络所取代，即通常所说的虚拟组织。在物流中，重要的工作组可以以整合的形式建立电子链接，执行重要的工作。这些工作组对他们所属的正式组织结构而言是透明的，即，正式的组织图可以与实际的工作流无关（事实上，未来物流组织应该实行职能分隔，将注意力集中于工作流而不是结构）。