就是寻找与目的的基因紧密连锁的遗传标记并确定其在染色体上的位置，高密度遗传连锁图的建立使目的基因的定位更为方便。

以DNA多态性为基础的遗传标记，即能反映个体或种群间差异特征的DNA片段。

在经典遗传学中，是指等位基因的变（差）异；在现代遗传学中，是指基因组中任何座位上的相对差异或者是DNA序列的差异。