从原理上说，两个名词是一致的，即利用生物，特别是微生物催化降解有机污染物，从而修复被污染环境或消除环境中污染物的一个受控或自发进行的过程。
区别在于：生物修复主要控制环境中的污染物，而生物处理则控制排放口污染物。
生物修复降解的化学品多是比较难降解的有毒化学品的复杂混合物，如燃油、杂酚油、工业溶剂的混合物。污染物的质量浓度从5~50g/L，可以相差10倍，有时还会有无机废物如金属的存在。
生物处理是在精心设计的工程系统中进行，活性污泥法处理的废水大部分为生活污水，比较容易降解。活性污泥法使处理的废水处于均匀混合状态，操作运行相对容易些。
由于生物修复的复杂性，它需要依靠工程学、生态学、地质学、土壤学和化学等多学科合作。
进行生物降解的基体经常是多相的非均质的环境，污染物在土壤中可以与土壤颗粒结合，可以溶于土壤中，也可以存在于空气中，有时土壤中两点之间相差几厘米污染物的含量就会有很大不同。

生物传感器是一类特殊形式的传感器，由生物分子识别元件与各类物理、化学换能器组成，用于各种生命物质和化学物质的分析和检测。

固体流态化也叫流体化，可以强化流体和固体之间的相互作用，或使固体颗粒像流体一样用管道输送。