水库蓄水后，水深增加，水面增大，流速变缓，透明度提高，加上各种营养成分的截留，有利于在深水或缓水中生活的鱼类生长繁殖。大坝修建截断了洄游性鱼类的觅食、产卵、越冬的通道，可能导致洄游性鱼类数量和种群减少。水库放空时，库中鱼类可能因水底沉淀物泛起，水中溶解氧含量过低而死亡。水库泄水建筑物下泄水流流速高，水中溶解氧过饱和，也会危及鱼类生存。水库拦水截沙使流至河口的含有丰富营养物质的淤泥和水量减少，山水动力条件减小而海洋动力作用相对增强，导致海岸线蚀退，河口淤积。这种变化还会引起河口缺乏食物链中低营养级生物，加上洄游性鱼类的通道被截断，有可能影响河口渔业资源。此外，夏季水库深孔泄流水温过低，在湖泊江河口处建闸都会影响鱼类的洄游、生长、繁殖，引起鱼类种群、数量的变化。

水库蓄水后，引起库周地下水位上升，从而使库区附近土壤盐碱化、沼泽化。

⑴前瞻性原则；
⑵统筹兼顾，突出重点的原则；
⑶分级与分类相结合的原则；
⑷便于管理，实用可行的原则；
⑸水质和水量并重的原则。

⑴发展节水型农业；
⑵合理利用化肥和农药；
⑶加强对畜禽排泄物、乡镇企业废水及村镇生活污水的有效处理。