一、针对该企业的会计制度设计，首先要满足会计制度设计范围的总体要求即既满足国家宏观经济管理需要，又适应本*企业特点并能直接指导会计活动的具体规范和具体要求。
1.会计制度设计的层次性。
2.会计制度设计的全面性。
3.会计制度设计的针对性。
4.会计制度设计的内部控制导向性，同时又要顾及会计制度设计的方式。
在上述的基础上针对制药公司的生产车间和相应的管理部门及销售部的特点再进行具体的会计制度设计：
1.为方便企业外部信息使用者提供以财务报告为载体的具备一定质量特征的会计信息，财务会计制度设计是关键，其具体内容是：对外务报告设计、会计核算程序设计、具体业务核算的设计。
2.成本会计制度设计，具体内容是：产品成本核算基础工作设计、基本产品成本核算方法设计、作业成本核算制度设计。
3.责任会计制度设计，它交易视角下财务会计制度提供的会计信息，还可以从预算责任的角度来反应管理目标及其实现程度，其具体内容是：责任预算制度、责任会计核算模式选择、责任会计报告与业绩评价制度等方面的设计。
4.会计信息化制度设计，包括会计基础工作信息化、会计准则和财务报告信息化、内容控制和评价报告信息化等具体内容。
二、会计组织机构设置的形式有两种，1.会计组织机构与财务组织机构的分设与合一。合一的优势在于提高会计职能与财务职能的协同性；不足是可能造成职责不清与降低内部控制效果，削弱会计信息的管理功能。适用于中小企业。分设的优势突出了会计组织与财务组织的专业化分工，不足在于导致会计信息传递环节增多，协调难度加大。适用于大型企业。2.会计组织机构的集中设置与分级设置。集中设置可以适当减少核算层次和工作人员，但不利于企业内部各部门或单位借助会计职能加强对业务活动的管控。分级设置的优缺点则与之相反。集中与分级设置都要面对会计组织机构内部组织设置问题，它有利于清晰界定职责和实施内部控制机制，但内部组织设置过大或过小都不经济，具体设计时要综合考虑职责完整性、考核机制等。
三、会计工作岗位职责，根据《会计基础工作规范》的要求包括：（1）会计工作岗位可以一人一岗、一人多岗或一岗多人，应当符合内部牵制的要求。（2）会计人员的工作岗位应当有计划的进行轮换。（3）会计岗位的设置由各单位根据会计业务需要确定。
会计工作岗位人员配备需要注意的是：（1）会计人员的任职条件。（2）会计人员的配备方式。（3）会计人员的考核与任免。（4）会计人员的交接。