酶的种类和浓度：不仅要看酶催化反应速度、还要注意酶的稳定性、底物专一性、对映体选择性、区域选择性、键选择性等。同一种酶，由于来源不同和处理方法（如纯度、冻干条件、固定化载体、固定化方法、修饰方法和修饰剂等）的不同，其特性也会有差别。
底物的种类和浓度：底物最适浓度和在有机相-必需水相间的分配问题。
有机溶剂的种类：2≤lgP≤5
水含量：最适水含量与溶剂的极性有关，溶剂极性越大，最适水含量也越大；而达到最大反应速度的水活度一般在0.5-0.6之间。
温度：在微水有机介质中，酶的热稳定性增强，其最适温度高于水溶液中的催化最适温度；但温度升高，立体选择性将降低。
。pH和离子强度：在有机介质中催化最适pH与水溶液中的接近。在冷冻干燥过程中，缓冲液对会严重影响pH和酶活力，应选择合适的缓冲液对，并添加蔗糖、甘露醇和冠醚等保护剂；有机相缓冲液。