需要注意的问题是：
（1）从数据流程图到系统流程图的转换不是单纯的符号变换。由于信息系统流程图描述的是计算机信息处理过程，而数据流程图表述的是全局数据处理过程，其中包含了手工信息处理部分，因此绘制信息系统流程图的前提是已经确定了系统边界、人机接口和数据处理方式。
（2）在信息系统流程图的设计中，需要根据业务处理的需要，考虑在信息技术支持下，哪些数据处理功能可以合并或进一步分解，进一步确定各个数据处理功能。
（3）系统流程图的设计基本上是根据原系统流程，按实际业务处理的过程进行设计，并不鼓励分析员使用系统设计的自上而下或模块化的方法。因此，用流程图方法设计的系统，不仅难以采用工程化开发方法，而且难于理解和维护，因此现在的信息系统开发中已经较少使用。由于它是最早出现的逻辑设计方法，可以帮助我们明确新系统信息处理的过程，进行流程图设计仍然有其重要意义。