1、控制好各种操作条件：酶反应器的操作的首要任务是按照设计要求控制好温度、pH、底物浓度、酶浓度、反应液的混合、流动速度等操作条件，并根据情况变化进行合理的调节。
2、保持酶反应器的操作稳定性：应尽量保持操作的稳定性，如搅拌速度、流体流速等，避免反应条件的激烈波动。以保持反应器恒定的生产能力。
3、防止酶的变性失活：在酶反应器的操作过程中，应当特别注意温度、pH、重金属离子、剪切力等因素引起酶的变性失活。
4、防止微生物的污染：酶反应器的操作必须符合必要的卫生条件，尤其是在生产药用或食用产品时，卫生条件要求较高，应尽量避免微生物的污染。

1.根据酶的应用形式选择反应器
2.根据酶反应动力学性质选择反应器
3.根据底物或产物的理化性质选择反应器

1、提取分离法
2、生物合成法：
（1）微生物发酵产酶
（2）植物细胞培养产酶
（3）动物细胞培养产酶
3、化学合成法