木瓜蛋白酶可以采用提取分离法、基因工程菌发酵法、植物细胞培养法等多种方法进行生产。
（1）提取分离法：从木瓜的果皮中获得木瓜乳汁，通过各种分离纯化技术获得木瓜蛋白酶。
（2）发酵法：通过DNA重组技术将木瓜蛋白酶的基因克隆到大肠杆菌等微生物中，获得基因工程菌，在通过基因工程菌发酵获得木瓜蛋白酶。
（3）植物细胞培养法：通过愈伤组织诱导获得木瓜细胞，在通过植物细胞培养获得木瓜蛋白酶。

当底物浓度过高时，会对酶产生抑制作用。

温度、PH、底物浓度、酶浓度、反应液的混合与流动

平板筛选法、荧光筛选法、噬菌体表面展示法、酵母细胞表面展示法

突变基因文库的构建、突变基因的筛选