首先要强调的是，我们对酶进行修饰的目的就是要改变酶的结构和特性，而且要使这种改变朝着对人类有用的方向进行。不管是从理论上分析还是从实际修饰的结果来看，酶经修饰之后，性质朝任何方向改变的可能性都存在，而且多数改变都是不利的。酶修饰之后，性质的变化因酶、修饰剂和修饰方法的不同而出现很大的差异。
（1）热稳定性
用前面介绍的一些修饰剂对酶进行修饰，在多数情况下可以提高酶的稳定性。但PEG没有明显的提高。（2）抗原性
抗原性是药物用酶必须解决的问题。在前面介绍过的修饰剂中，被认为可以消除酶的抗原性的修饰剂只有PEG和人血清白蛋白。
（3）对各类失活因子的抵抗力
由于酶修饰之后，表面会带上修饰剂而受到保护，因此，酶修饰之后，抵抗蛋白酶水解和其它失活因子的能力普遍增强。
（4）在生物体内的半衰期
由于修饰之后，稳定性和对抗各种失活因子的能力增强，因此，半衰期也普遍延长。