原生动物不仅对了解动物演化是很重要的。而且和人生的关系也是很密切的。比如寄生的种类如疟原虫、利什曼原虫、痢疾内变形虫等直接对人有害。还有些对国民经济有直接关系，如焦虫危害家畜，一些粘孢子虫、小瓜虫、车轮虫危害鱼类。一些寄生在害虫体内的原生动物，也是研究害虫生物防治的材料。自由生活的原生动物，有些种类能污染水源，淡水中如尾滴虫、钟罩虫；在海水中一些腰鞭毛虫如夜光虫、裸甲腰鞭虫等大量繁殖可造成赤潮，危害渔业。
另方面，有的种类如眼虫等又可以作为有机污染的指标动物。大多数的植鞭毛虫、纤毛虫和少数的根足虫是浮游生物的组成部分，是鱼类的自然饵料。海洋和湖泊中的浮游生物又是形成石油的重要原料。在千百万年的漫长地质年代里，浮游生物的尸体和泥沙一起渐渐下沉到水底，保存于淤泥中，由于和空气隔绝，这些生物体的有机物质，在微生物的作用以及覆盖层的压力和温度的作用下，不断发生极其复杂的化学变化而变为石油。另如有孔虫、放射虫的壳对地壳形成有意义。
因此它们又是探测石油矿的标志。此外，原生动物结构较简单，繁殖快，易培养，因此是研究生物科学基础理论的好材料，如眼虫、变形虫、草履虫，已如前述。生物科学基础理论中，细胞生物学是一个重要的部分，而原生动物本身就是单个细胞，因此在揭示生命的一些基本规律中，原生动物已经显示并将要显示其更大的科学价值。