（1）不产甲烷菌种类繁多，有细菌、真菌和原生动物三大群。其中细菌的种类最多，作用也最大，按呼吸类型分为专性厌氧菌、好氧菌和兼性厌氧菌。其中以专性厌氧菌的种类和数量最多。
（2）产甲烷菌产甲烷菌在原核生物中由于它们能厌氧代谢产生甲烷而成为一个独特类群。