（1）耳毒性：损害第八对脑神经，表现为前庭支和耳蜗支功能障碍如链霉素和庆大霉素先影响前庭功能，出现眩晕、恶心、共济失调等，若不及时停药，继而出现耳鸣、耳聋则不易恢复。
（2）肾毒性：本类抗生素对肾脏有损害，可引起蛋白尿、管型尿、血尿等，停药后一般可恢复，以新霉素毒性最强，目前已少用，卡那霉素次之，再次为庆大霉素，而链霉素肾毒性较轻。
（3）神经肌肉阻断作用：表现急性肌肉麻痹，四肢无力，甚至呼吸停止，可能与本类药抑制运动神经末梢释放乙酰胆碱有关，常见于术后腹腔内放置大量药物，或静脉滴注剂量过大、滴速过快，可给静脉注射葡萄糖酸钙缓解症状，也可用新斯的明治疗。