有机硫酸盐、磺酸盐、羧酸盐、酚类以及无机硫氰盐、氰酸盐、硝酸盐和氯化物等，或多或少地会与亚甲蓝作用，生成可溶于三氯甲烷的蓝色络合物，致使结果偏高。在季胺盐类等阳离子物质和蛋白质存在时，阴离子表面活性剂与之作用，生成稳定的络合物，而不与亚甲蓝反应，使结果偏低。通过水溶液反洗，消除大部分正干扰：亦可通过气提萃取法将阴离子洗涤剂从水相中转移到有机相中加以消除。而阳离子干扰物质在适当条件下可采用阳离子交换树脂去除。

在采样现场将水样酸化后，滴于KI-淀粉试剂上，如出现蓝色，说明存在氧化剂，庆及时在水样中加入过量硫酸亚铁铵除去。

当水样颜色较深时，可取同体积的水样，用水稀释至25ml作为空白比较，并从水样测得的吸光度值减去该空白吸光度。