第一，对政府收入进行统一分类，全面、规范、细致地反映政府各项收入。改革后的收入分类要全面反映政府收入的来源和性质，不仅包括预算内收入，还包括预算外收入、社会保险基金收入等应属于政府收入范畴的各项收入。从分类方法上看，原收入分类只是各种收入的罗列，如各项税收、行政事业性收费、罚没收入等。新的收入分类按照科学标准和国际通行做法将政府收入划分为税收收入、社会保险基金收入、非税收入、贷款转贷回收本金收入、债务收入以及转移收入等，这为进一步加强收入管理和数据统计分析创造了有利条件。从分类结构上看，原收入分类分设类、款、项三级，改革后分设类、款、项、目四级，多了一个层次。四级科目逐级细化，以满足不同层次的管理需求。 
第二，建立新的政府支出功能分类体系，更加清晰地反映政府各项职能活动。这是这次科目改革的核心。从分类方法和结构上来看，现行支出分类科目主要是按经费性质设置的，如基建费、科三费、事业费等。作为补充，还有几十个按经济性质设置的目级科目。新的支出功能分类不再按基建费、行政费、事业费等经费性质设置科目，而是根据政府管理和部门预算的要求，统一按支出功能设置类、款、项三级科目，分别为17类、170多款、1100多项。类级科目综合反映政府职能活动，如国防、外交、教育、科学技术、社会保障和就业、环境保护等；款级科目反映为完成某项政府职能所进行的某一方面的工作，如“教育”类下的“普通教育”；项级科目反映为完成某一方面的工作所发生的具体支出事项，如“水利”款下的“抗旱”、“水土保持”等。新的支出功能科目能够清楚地反映政府支出的内容和方向，有利于解决人大代表多次提出的支出预算“外行看不懂、内行说不清”的问题。 
第三，建立新型的支出经济分类体系，全面、规范、明细反映政府各项支出的具体用途。支出经济分类体系主要是对原来的支出目级科目作了扩充和完善。按照简便、实用的原则，支出经济分类科目设类、款两级，分别为12类和90多款。类级科目具体包括：工资福利、商品和服务支出、对个人和家庭的补助、转移支付、基本建设支出等。款级科目是对类级科目的细化，主要体现部门预算编制和单位财务管理等有关方面的要求。如基本建设支出进一步细分为房屋建筑物购建、专用设备购置、大型修缮、土地资源开发等各种形态。全面、明细的支出经济分类是进行政府预算管理、部门财务管理以及政府统计分析的重要手段