改革后，实行以国库集中支付为主，授权预算单位支付为辅的资金拨付方式，与原财政资金分散支付方式相比，主要变化如下： 
（一）财政资金支付按规范的程序在国库单一账户体系内运作。改变原预算单位银行账户设置和管理方式，预算单位按规定在代理银行开设授权支付零余额账户。 
（二）减少支付的中间环节，方便预算单位用款。对大额支付由财政直接支付到供应商或用款单位，不再层层拨付，减少支付环节；对经常性小额支付，由财政授权预算单位自行管理，自行支付，不需逐笔向财政部门申请，提高支付效率。 
（三）预算单位按财政部门核定的用款计划及授权支付额度结余数掌握支出，不再按银行存款数控制支出。 
（四）对于预算单位日常经费，由代理银行在财政下达的授权支付额度内，按预算单位每日实际支出数，与国库单一账户或预算外资金财政专户进行清算，不再由国库股在月初将日常经费一次拨入预算单位原银行账户。 
（五）实行国库集中支付后，预算单位在授权支付额度内按单位实际支出进度先支用，再与国库单一账户或预算外资金财政专户进行清算，每日终了，账户存款余额为零，避免财政资金沉淀在各个预算单位。