收回教育权运动使中国人民对教会学校有了一个较为清晰的认识，使教会教育的发展势头在一段时期内受到了遏制，也迫使传教士们重新思考他们所办理的学校教育事业，使教会学校的宗教色彩较以前有所淡化，而真正的教育职能却得到了一定程度的强化。可以说，收回教育权运动是日后教会教育（特别是教会大学）走向本土化和世俗化的必不可少的前奏，具有深远的历史意义。