洋务运动时期，教会学校的发展可大致划分为两个阶段。第一阶段从19世纪60年代到1876年，教会学校数量大增，学生人数也达到2万左右，但仍以小学为主。第二阶段开始于1877年的第一次基督教传教士大会，基督教教会学校改变了过去零星分散、各自为政的状态，加强了相互之间的联系，在教会内部，教会学校的独立性加强了，并着手讨论和解决教会教育的具体问题，如教科书、课程设置、师资培训、考试制度及教学方法等，从而加速了教会学校的制度化发展，到19世纪末，教会学校总数增加到2000所左右，学生数增加到4万以上，而且办学层次更高，中等学校占10%，好多学校都在中学的基础上发展了大学班组；而且多数教会学校，特别是位于沿海通商口岸的教会学校，已不再免费招收穷苦人家的孩子，而是吸收新兴资产阶级家庭和其他富裕家庭的子弟，收取较高的学费，这样不仅可以提高教会教育的影响，还能在进行文化渗透的同时获取经济利益。