霉菌对工农业生产，医疗实践，环境保护，生物学基础理论研究等方面都有密切的关系，具体体现在以下几点：
1、工业上的柠檬酸，葡萄糖酸，乳酸等有机酸，淀粉酶，蛋白酶等酶制剂，青霉素，头孢酶素等抗生素，核黄素等维生素，麦角碱等生物碱，真菌多糖等产物的发酵生产；利用犁头霉等对甾体化合物的生物转化以生产甾体激素类药物；利用霉菌在生物防治污水处理和生物测定等方面的应用；
2、在食品制作方面如酱油的酿造和干酪的制造
3、在基础理论研究方面霉菌等在微生物遗传学研究中的应用；
4、大量真菌可引起工农业产品霉变；
5、是植物最主的病原菌；
6、引起动物人体传染病。