短沟道效应主要是指阈值电压与沟道相关到非常严重的程度，或者沟道长度减小到一定程度后出现的一系列二级物理效应统称为短沟道效应。对单晶材料的轴沟道和面沟道，由于散射截面小，注入离子可以获得很深的穿透深度，称为沟道效应。
方法：离子束在注入硅片时必须偏离沟道方向约7°。通常，这种偏转是用倾斜硅片来实现。除了转动靶片，还可以用事先生长氧化层或用Si、F等离子预非晶化的方法来消除沟道效应。对大直径Si片，还用增大倾斜角的方法来保证中心和边缘都能满足大于临界角。