当前，中国农业用水转换还处于探索阶段，个别地区的农业用水转换也只是对农业用水交易市场的一种尝试。由于中国相关法律法规对农业用水交易缺乏有力的支持，中国的水权制度还处在建设过程中，许多地方的水权尚不明晰，农业用水转换行为不能得到有效的管理和规范，政府需要进一步对农业用水转换进行引导。
①明晰水权。实际上就是完善用水权的初始分配制度，确立明确的用水权主体（水权主体可以包括政府、企业、农民灌溉协会、用水组织、用水大户甚至个人），从现有的取水许可制度逐步向水权制度转变。
②加强对水权市场的规范。水权交易需要具备很多条件，不是纯粹的市场行为，水权市场必须由政府加以规范，尽早出台《农业用水转换指导意见》，对水权转让的重要原则如转让期限、转让价格、水权持续获得的保证机制、特殊时期供水保证率和取用水优先顺序等进行规范。
③积极推进制度创新，加强农业和农民利益保护制度建设。
④尽快形成科学合理的农业用水转换价格机制。
⑤合理确定转换期限。
⑥规范用水转换协议文本，增加可操作性。用水转换协议是用水转换得以实施的重要法律文书，协议条款要规范，内容要全面，以利于实施。
⑦重视农业用水转换中的利益补偿。在农业用水转换中，如果具有取水优先权的上游地区是贫困地区，显著的地区差距以及农业节水投资巨大的特点，上游地区将会缺乏谈判积极性，即使达成合约，违约风险也很大，因此必须建立一套“利益补偿机制”，对欠发达地区和利益受损人口实行利益补偿。利益补偿的核心是保障农民利益、给农户造成节水激励。