生态系统不同于一般系统的调控。
（1）无目标、非中心的自我控制。自然界在亿万年进化历程中形成了十分精巧的自我调节和控制能力。它无独立的调控部件，是非中心的自我控制。主要通过各生物种相互联系使整个群落自发地向顶极方向发展。（2）多层次控制。自然生态系统总是由有垂直分离特性的层次构成，大系统套小系统，小系统套更小的系统。在同一层次内，系统又由相互联系，但又彼此相对独立的组份构成，形成系统的水平分离特征。
（3）多元重复。多元重复是指在生态系统中，有一个以上的组分具有完全相同或相近的功能，或者说在网络中处在相同或相近生态位上的多个组成成分，在外来干扰使其中1个或2个组分被破坏的情况下，另外1个或2个组分可以在功能上给予补偿，从而相对地保持系统输出稳定不变。
例如：植物的种子和动物的排卵数大大超过环境中可能容纳的下一代数目；同一食草动物常消费众多的植物种类；同一种生物残体为数以百计和各种大小生物所分解利用等等。这就使得生态系统在遇到干扰之后，仍能维持正常的能量和物质转换功能。