非特异免疫系统，又称天然免疫或固有免疫。是人类在漫长进化过程中获得的一种遗传特性，是人一生下来就具有能力。包括：组织屏障（皮肤和黏膜系统、血脑屏障、胎盘屏障等）；固有免疫细胞（吞噬细胞、杀伤细胞、树突状细胞等）；固有免疫分子（补体、细胞因子、酶类物质等）。

有特定的识别序列，通常为4-6个碱基对。切割点位于识别序列内的固定位置上。酶切后形成粘性末端或平齐末端。

分离已知基因；检测微量DNA；遗传性疾病、肿瘤的诊断。