牙本质矿化的过程分为以下几个过程：
成牙本质细胞分泌胶原蛋白（主要为I型胶原），形成牙本质的基质结构，为矿化作准备；
成牙本质细胞合成磷蛋白并把它直接分泌在矿化前沿的胶原蛋白层上；
部分磷蛋白与胶原蛋白结合，部分降解；
磷酸钙的微晶或钙离子与磷蛋白结合；
在结合的钙离子或晶体上形成羟磷灰石晶体，而且按胶原纤维排成有序结构。