肉眼：附着于牙根尖部的一团软组织，表现光滑有被膜，且与牙周膜连续，可随拔牙时一同拔出。
镜下：
（1）根尖区可见增生的肉芽组织团块，主要由新生的毛细血管，成纤维细胞和各类炎症细胞构成，肉芽组织外有纤维组织包绕。
（2）有胆固醇结晶，呈针形裂隙，伴有异物巨细胞的存在。
（3）根尖肉芽肿中有上皮存在，上皮来自牙周膜的Malassez上皮剩余；口腔上皮；牙周袋袋壁上皮；呼吸道上皮。