物理图谱和遗传图谱都属于基因图谱。但物理图谱是用细胞和分子遗传学原位杂交的方法和体细胞杂交的方法建立的。基因位点间的距离用碱基对（bp）和千碱基对（kb）表示，基因之间的距离是绝对的。遗传图谱是通过连锁分析的方法建立的。基因位点间的距离用厘摩（cM）表示，基因之间的距离是相对的。