原《事业单位会计制度》发布于1997年，自1998年1月1日起施行，对规范事业单位会计核算、服务财政预算管理发挥了积极的作用。近年来，随着我国公共财政体制改革的不断深化、事业单位体制改革的逐步推进，对事业单位的预算管理和财务管理都提出了新的、更高的要求，原《事业单位会计制度》已经难以满足各方面需要。

新制度设置了“应付账款”科目，其核算内容与原账中上述相应科目的核算内容基本相同，包括偿还期在1年以上（不含1年）的应付账款。

对“附属单位补助支出”科目核算事业单位用财政补助收入对附属单位补助发生的支出，本科目应当按照接受补助单位、补助项目、《政府收支分类科目》中“支出功能分类”相关科目等进行明细核算。

事业单位一般应当按月计提固定资产折旧。当月增加的固定资产，当月提折旧；当月减少的固定资产，当月照提折旧，从下月起不提折旧。

新《事业单位财务制度》规定，固定资产是指使用期限超过一年（含1年），单位价值在1000元以上（其中：专用设备单位价值在1500元以上），并在使用过程中基本保持原有物质形态的资产。单位价值虽未达到规定标准，但是耐用时间在一年以上（含1年）的大批同类物资，作为固定资产管理。

新制度要求事业单位按照事业单位财务规则或制度规定确定是否计提折旧，并规定了“虚提”折旧和摊销的处理方法，即直接计入支出。

对比旧《事业单位会计制度》，新《事业单位会计制度》在支出类科目中增设了拨出经费、拨出专款、专款支出、成本费用、销售税金结转、自筹基建科目等。

因被投资单位破产清算等原因，有确凿证据表明长期股权投资发生损失，按规定报经批准后予以核销。将待核销长期股权投资转入待处置资产时，按照待核销的长期股权投资实际取得成本，借记“待处置资产损溢”科目，贷记“长期投资”科目。