1与细菌性心肌炎鉴别
（1）白喉性心肌炎：由白喉杆菌引起的全身症状，但主要有咽、喉或鼻部的乳白色或灰色大片假膜，有时假膜呈黄色，若混有血液时呈黑色，以在会厌部为多见，假膜不易剥离，一般全身症状也较重。在白喉中，心肌炎常见，且致命者中半数均累及到心肌，常出现于发病一周时，起病凶险。
（2）链球菌、肺炎球菌、葡萄球菌、脑膜炎球菌等心肌炎：均有败血症或其他原发病如脑膜炎时的脑膜刺激征等表现，有些葡萄球菌性心肌炎常出现于急性感染性心内膜炎的基础上，全身毒血症状如高热、寒战、贫血等较为明显，由于病原毒力大，可引起心脏瓣膜溃疡或穿孔及腱索断裂，以致在短期内出现高音调杂音，常早期出现心力衰竭。有些受累的心内膜上常有细菌赘生物，易脱落而使带菌栓子产生多发性栓塞，栓塞部位常见于脑、肾和肺，而出现转移性脓肿。心肌也可有脓肿样改变，在超声心动图上易于发现，同时可有肺炎、肺脓肿
的X线表现和肝脓肿的超声波表现，以及皮肤瘀斑。用大量抗生素前做血培养较易获得致病细菌生长，可与病毒性心肌炎相鉴别。目前此类心肌炎己经很少见。链球菌感染所致心肌炎主要为急性风湿性心肌炎P-R及Q-T间期延长为多见，但也可有心律失常及突然死亡。
（3）伤寒杆菌所致心肌炎：多发生于伤寒病的极期，即病后5~7天，高热一般持续于30~40℃病人常表现为极度虚弱、神情淡漠、全身症状明显，肝大多见，部分病人在前胸或上腹部有玫瑰疹，早期血培养阳性率高，骨髓培养阳性率高于血培养，粪便培养在病程各期有不同程度的阳性培养率，病程后期肥达反应常呈高价，而病毒性心肌炎时常示恢复期的较早阶段血清病毒抗体效价有超过或等于4倍的上升，可作为病原学的鉴别。
由细菌所致心肌炎一般病情偏重，常呈弥漫性的心肌受累，心电图以ST-T改变及严重心律失常尤以房室传导阻滞多见，当然也可出现类似病毒性心肌炎时的各类异常心电图改变。但根据上述一系列临床表现不难鉴别。
2与其他感染性心肌炎鉴别
（1）原虫性心肌炎：主要见于南美洲锥虫病及弓形虫病。
①锥虫病。急性期多见于婴儿，原虫以锥螺为媒介，在吸血时侵入心肌细胞后迅速进行繁殖，破裂溢出，使心肌细胞遭到破坏。但出现症状者极少，少数患者有心动过速、心脏扩大、奔马律等，心电图也可示ST-T改变，房室传导阻滞；而急性病毒性心肌炎见于各年龄组，当婴儿患病毒性心肌炎时，则全身心脏症状较重而明显，偶伴脑膜炎。慢性锥虫病多见于成年人，病情发展缓慢，常呈进行性心脏扩大，最后出现心力衰竭；常有多种异常心电图改变，包括心室内及房室传导阻滞、窦房结功能不全、异常Q波及原发性T波改变等，室性心律失常发生率极高，偶有突然死亡，与病毒性心肌炎及心肌病难以鉴别，但国内至今尚未发现此病。此病急性期中在血中找到枯氏锥虫可以确诊，也可行间接血凝法检测抗体以协助诊断。
②弓形虫病。是一种分布极广的动物传染病，出现心肌炎症状者均因食生的或未煮熟的肉类，或引用污染的水源而感染。多见于有恶性肿瘤等疾病可致免疫缺陷，偶见于艾滋病及心脏或骨髓移植患者中。一般均有淋巴结肿大，且常出现全身症状。有心肌炎时多伴有心包积液。可在肿大的淋巴结中找到弓形虫，脑脊液中找到滋养体也可确定诊断。用猩肾或猪肾细胞做单层培养后接种体液、脑脊液，在显微镜下弓形虫在细胞内迅速繁殖，主要确诊为心内膜心肌活检。
（2）真菌感染：如放射菌、隐球菌、孢子丝菌、念珠菌等感染都可引起败血症累及心肌而导致心肌炎，如有心肌累及为致命性的。一般都有原发性病灶可见，血真菌培养可获阳性结果，心肌活检标本中有心肌坏死及血管中含真菌菌丝，可因栓塞而致心肌梗死，伴有心肌脓肿及心包炎。