研究微生物与宿主细胞相互作用的新技术和方法主要有：基因表达序列分析、DNA芯片技术、寡核苷酸微点阵技术、双向凝胶电泳和质谱分析，酵母、细菌及哺乳细胞双杂交和三杂交系统，以及从整体水平进行研究的体内表达技术（IVET），相差荧光诱导技术（DFI）和STM（sigature-tagged  mutagenesis）等技术。