建立医院信息系统是一项庞大的系统工程，涉及面广、范围宽、学科领域多，必须严密组织、科学管理和精心操作。
医院信息系统的建设与应用，一般要经过基础准备、模拟运行、分步上网、全面铺开、单轨运行和正式运行等阶段。
基本原则是：
（1）坚持"总体规划，分步实施"的原则：
即在医院信息系统建设的初期，要认真做好需求性分析和可行性分析。
要结合医院发展的中长期规划对信息系统的整体性、集成性、长期性、开放性进行全面的设计，并根据医院的实际财力和需求及轻重缓急分步实施。
（2）重视信息系统硬软件售后服务的原则：
计算机和信息管理系统均属高科技产品，售后服务和日常维护对于系统的正常运行和功能发挥是非常重要的保障，
因此，医院信息系统建设和系统引入除了要考虑较好的性能价格比之外，还一定要考虑到是否有完善的硬软件售后服务。
（3）将信息系统建设与医院管理改革结合起来：
信息系统建设只是医院现代化建设的一个组成部分，而且它的建设与其他子系统的建设密切相关，
如果管理不规范，信息采集就无法保证，信息利用更无人问津，信息管理的监控作用也无法发挥。
（4）营造人人重视，大家参与信息管理的氛围：
医院是使用计算机技术较多的服务行业，信息管理涉及几乎所有的部门和员工，
因此，医院的信息系统的建设不能只依靠少数人来办，而必须发动全体员工人人重视，积极参与，善于利用信息提高服务水平。

即门诊病案和住院病案统一使用一个编号。
医院还可以将放射、病理、心电图、CT等特殊检查均以病案号为准则进行编号。

是指对医院信息的产生、识别、获取、检测、交换、传输、存储、显示、处理、印刷等技术和工作环节进行统一的规范化的处理。